आयु (जीवन) + वेद (विज्ञान)= जीवनको विज्ञानको रुपमा चिनिने आयुर्वेद नेपालमा आदिकालबाट शुरु भए पनि एउटा संस्थागत रुपमा प्रताप मल्लको शासन कालबाट शुरु भएको हो।तत्पश्चात सिंहदरवार वैद्यखाना, नरदेवी चिकित्सालय, आयुर्वेद औषधालय, अञ्चल आयुर्वेद औषधालय हुदैं जिल्ला आयुर्वेद स्वास्थ्य केन्द्रको रुपमा देश भरी आयुर्वेद संस्थाहरु स्थापना गरिने क्रममा यो संस्था शुरुमा नारायणी अंचल आयुर्वेद औषधालयको नाममा स्थापना भएको थियो जुन सर्व प्रथम पर्सा जिल्लाको रानीगंज भन्ने ठाउँमा स्थापना भएको थियो। त्यहाँ बाट २०३४ सालमा सारेर मकवानपुर जिल्ला हेटौडाको सानो पोखरामा सेवा संचालन गरिएको थियो। त्यस पछि २०३८ सालमा आफ्नै भवनबाट सेवा संचालन गरेको यस कार्यालयको पहिलो कार्यालय प्रमुख डा.वैद्यनाथ भट्ट हुनु हुन्थ्यो। हाम्रो देश नेपाल प्रादेशिक संरचनामा आए पछि बागमती प्रदेश सरकार मन्त्री परिषदको मिति २०७७/०८/०८ को निर्णय २०७८/०१/०३ मा स्वीकृत प्रदेशभित्रका अस्पताल संचालन तथा व्यवस्थापन (पहिलो संशोधन) आदेश २०७८ अनुसार यस चिकित्सालयको नाम नारायणी अंचल आयुर्वेद औषधालयबाट जिल्ला आयुर्वेद स्वास्थ्य केन्द्र, मकवानपुर कायम भएको थियो भने 2080/09/03 को बागमती प्रदेशको मन्त्री परिषदको निर्णय अनुसार नयाँ दरबन्दी तेरीज पारित हुनुका साथै यस केन्द्रको नाम आयुर्वेद तथा वैकल्पिक चिकित्सालय,मकवानपुर कायम गरिएको हो । स्थापना कालदेखि नै यस संस्था आयुर्वेद मार्फत स्वास्थ्य प्रवर्धनात्मक एवम् उपचारात्मक सेवा प्रदान गरी स्वास्थ्य क्षेत्रमा योगदान दिदै आएको छ ।